Warning

This document is for an in-development version of Galaxy. You can alternatively view this page in the latest release if it exists or view the top of the latest release's documentation.

lib

• galaxy package
  • Subpackages
    • galaxy.actions package
      • Submodules
      • galaxy.actions.admin module
      • galaxy.actions.library module
    • galaxy.auth package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.auth.util module
    • galaxy.authnz package
      • Submodules
      • galaxy.authnz.custos_authnz module
      • galaxy.authnz.managers module
      • galaxy.authnz.psa_authnz module
    • galaxy.config package
      • Submodules
      • galaxy.config.script module
    • galaxy.containers package
      • Submodules
      • galaxy.containers.docker module
      • galaxy.containers.docker_decorators module
      • galaxy.containers.docker_model module
      • galaxy.containers.docker_swarm module
    • galaxy.datatypes package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.datatypes.annotation module
      • galaxy.datatypes.anvio module
      • galaxy.datatypes.assembly module
      • galaxy.datatypes.binary module
      • galaxy.datatypes.blast module
      • galaxy.datatypes.checkers module
      • galaxy.datatypes.chrominfo module
      • galaxy.datatypes.constructive_solid_geometry module
      • galaxy.datatypes.coverage module
      • galaxy.datatypes.data module
      • galaxy.datatypes.genetics module
      • galaxy.datatypes.gis module
      • galaxy.datatypes.graph module
      • galaxy.datatypes.images module
      • galaxy.datatypes.interval module
      • galaxy.datatypes.isa module
      • galaxy.datatypes.metadata module
      • galaxy.datatypes.microarrays module
      • galaxy.datatypes.molecules module
      • galaxy.datatypes.mothur module
      • galaxy.datatypes.msa module
      • galaxy.datatypes.neo4j module
      • galaxy.datatypes.ngsindex module
      • galaxy.datatypes.phylip module
      • galaxy.datatypes.plant_tribes module
      • galaxy.datatypes.proteomics module
      • galaxy.datatypes.qualityscore module
      • galaxy.datatypes.registry module
      • galaxy.datatypes.sequence module
      • galaxy.datatypes.sniff module
      • galaxy.datatypes.spaln module
      • galaxy.datatypes.tabular module
      • galaxy.datatypes.text module
      • galaxy.datatypes.tracks module
      • galaxy.datatypes.triples module
      • galaxy.datatypes.upload_util module
      • galaxy.datatypes.xml module
    • galaxy.dependencies package
    • galaxy.eggs package
    • galaxy.exceptions package
      • Submodules
      • galaxy.exceptions.error_codes module
    • galaxy.forms package
      • Submodules
      • galaxy.forms.forms module
    • galaxy.job_execution package
      • Submodules
      • galaxy.job_execution.datasets module
      • galaxy.job_execution.output_collect module
    • galaxy.job_metrics package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.job_metrics.formatting module
    • galaxy.jobs package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.jobs.command_factory module
      • galaxy.jobs.dynamic_tool_destination module
      • galaxy.jobs.handler module
      • galaxy.jobs.manager module
      • galaxy.jobs.mapper module
      • galaxy.jobs.rule_helper module
      • galaxy.jobs.stock_rules module
      • galaxy.jobs.transfer_manager module
    • galaxy.managers package
      • Submodules
      • galaxy.managers.annotatable module
      • galaxy.managers.api_keys module
      • galaxy.managers.base module
      • galaxy.managers.citations module
      • galaxy.managers.cloud module
      • galaxy.managers.cloudauthzs module
      • galaxy.managers.collections module
      • galaxy.managers.collections_util module
      • galaxy.managers.configuration module
      • galaxy.managers.containers module
      • galaxy.managers.context module
      • galaxy.managers.datasets module
      • galaxy.managers.deletable module
      • galaxy.managers.folders module
      • galaxy.managers.hdas module
      • galaxy.managers.hdcas module
      • galaxy.managers.histories module
      • galaxy.managers.history_contents module
      • galaxy.managers.jobs module
      • galaxy.managers.lddas module
      • galaxy.managers.libraries module
      • galaxy.managers.library_datasets module
      • galaxy.managers.pages module
      • galaxy.managers.ratable module
      • galaxy.managers.rbac_secured module
      • galaxy.managers.roles module
      • galaxy.managers.secured module
      • galaxy.managers.sharable module
      • galaxy.managers.taggable module
      • galaxy.managers.tools module
      • galaxy.managers.users module
      • galaxy.managers.visualizations module
      • galaxy.managers.workflows module
    • galaxy.metadata package
      • Submodules
      • galaxy.metadata.set_metadata module
    • galaxy.model package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.model.base module
      • galaxy.model.custom_types module
      • galaxy.model.database_heartbeat module
      • galaxy.model.item_attrs module
      • galaxy.model.mapping module
      • galaxy.model.metadata module
      • galaxy.model.none_like module
      • galaxy.model.search module
      • galaxy.model.security module
      • galaxy.model.tags module
      • galaxy.model.util module
    • galaxy.objectstore package
      • Submodules
      • galaxy.objectstore.azure_blob module
      • galaxy.objectstore.cloud module
      • galaxy.objectstore.pithos module
      • galaxy.objectstore.pulsar module
      • galaxy.objectstore.rods module
      • galaxy.objectstore.s3 module
      • galaxy.objectstore.s3_multipart_upload module
    • galaxy.openid package
      • Submodules
      • galaxy.openid.openid_manager module
      • galaxy.openid.providers module
    • galaxy.quota package
    • galaxy.security package
      • Submodules
      • galaxy.security.idencoding module
      • galaxy.security.passwords module
      • galaxy.security.validate_user_input module
    • galaxy.selenium package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.selenium.cli module
      • galaxy.selenium.components module
      • galaxy.selenium.data module
      • galaxy.selenium.driver_factory module
      • galaxy.selenium.has_driver module
      • galaxy.selenium.navigates_galaxy module
      • galaxy.selenium.sizzle module
      • galaxy.selenium.smart_components module
    • galaxy.tool_util package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.fetcher module
      • galaxy.tool_util.lint module
      • galaxy.tool_util.loader module
      • galaxy.tool_util.loader_directory module
      • galaxy.tool_util.output_checker module
      • galaxy.tool_util.provided_metadata module
    • galaxy.tools package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.tools.cache module
      • galaxy.tools.data_fetch module
      • galaxy.tools.errors module
      • galaxy.tools.evaluation module
      • galaxy.tools.exception_handling module
      • galaxy.tools.execute module
      • galaxy.tools.repositories module
      • galaxy.tools.special_tools module
      • galaxy.tools.test module
      • galaxy.tools.wrappers module
    • galaxy.tours package
    • galaxy.util package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.util.aliaspickler module
      • galaxy.util.bunch module
      • galaxy.util.bytesize module
      • galaxy.util.checkers module
      • galaxy.util.compression_utils module
      • galaxy.util.dbkeys module
      • galaxy.util.dictifiable module
      • galaxy.util.expressions module
      • galaxy.util.facts module
      • galaxy.util.filelock module
      • galaxy.util.form_builder module
      • galaxy.util.getargspec module
      • galaxy.util.hash_util module
      • galaxy.util.heartbeat module
      • galaxy.util.image_util module
      • galaxy.util.inflection module
      • galaxy.util.json module
      • galaxy.util.jstree module
      • galaxy.util.lazy_process module
      • galaxy.util.monitors module
      • galaxy.util.object_wrapper module
      • galaxy.util.odict module
      • galaxy.util.oset module
      • galaxy.util.permutations module
      • galaxy.util.plugin_config module
      • galaxy.util.properties module
      • galaxy.util.renamed_temporary_file module
      • galaxy.util.rules_dsl module
      • galaxy.util.sanitize_html module
      • galaxy.util.script module
      • galaxy.util.simplegraph module
      • galaxy.util.sleeper module
      • galaxy.util.sockets module
      • galaxy.util.specs module
      • galaxy.util.sqlite module
      • galaxy.util.streamball module
      • galaxy.util.submodules module
      • galaxy.util.template module
      • galaxy.util.tool_version module
      • galaxy.util.topsort module
      • galaxy.util.ucsc module
      • galaxy.util.validation module
      • galaxy.util.watcher module
      • galaxy.util.web_compat module
      • galaxy.util.xml_macros module
    • galaxy.visualization package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.visualization.genomes module
    • galaxy.web package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.web.buildapp module
      • galaxy.web.form_builder module
      • galaxy.web.formatting module
      • galaxy.web.params module
    • galaxy.web_stack package
      • Submodules
      • galaxy.web_stack.handlers module
      • galaxy.web_stack.message module
      • galaxy.web_stack.transport module
    • galaxy.webapps package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.webapps.config_manage module
      • galaxy.webapps.util module
    • galaxy.webhooks package
    • galaxy.work package
      • Submodules
      • galaxy.work.context module
    • galaxy.workflow package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.workflow.extract module
      • galaxy.workflow.modules module
      • galaxy.workflow.render module
      • galaxy.workflow.run module
      • galaxy.workflow.run_request module
      • galaxy.workflow.scheduling_manager module
      • galaxy.workflow.steps module
  • Submodules
  • galaxy.app module
  • galaxy.config_watchers module
  • galaxy.main module
  • galaxy.queue_worker module
  • galaxy.queues module
  • galaxy.version module
• galaxy_ext package
  • Subpackages
    • galaxy_ext.expressions package
      • Submodules
      • galaxy_ext.expressions.handle_job module
    • galaxy_ext.metadata package
      • Submodules
      • galaxy_ext.metadata.set_metadata module
• tool_shed package
  • Subpackages
    • tool_shed.capsule package
      • Submodules
      • tool_shed.capsule.capsule_manager module
    • tool_shed.dependencies package
      • Subpackages
      • Submodules
      • tool_shed.dependencies.attribute_handlers module
    • tool_shed.galaxy_install package
      • Subpackages
      • Submodules
      • tool_shed.galaxy_install.dependency_display module
      • tool_shed.galaxy_install.install_manager module
      • tool_shed.galaxy_install.installed_repository_manager module
      • tool_shed.galaxy_install.repair_repository_manager module
      • tool_shed.galaxy_install.tool_migration_manager module
      • tool_shed.galaxy_install.update_repository_manager module
    • tool_shed.grids package
      • Submodules
      • tool_shed.grids.admin_grids module
      • tool_shed.grids.repository_grid_filter_manager module
      • tool_shed.grids.repository_grids module
      • tool_shed.grids.repository_review_grids module
      • tool_shed.grids.util module
    • tool_shed.managers package
      • Submodules
      • tool_shed.managers.groups module
      • tool_shed.managers.repositories module
    • tool_shed.metadata package
      • Submodules
      • tool_shed.metadata.metadata_generator module
      • tool_shed.metadata.repository_metadata_manager module
    • tool_shed.repository_types package
      • Submodules
      • tool_shed.repository_types.metadata module
      • tool_shed.repository_types.registry module
      • tool_shed.repository_types.repository_suite_definition module
      • tool_shed.repository_types.tool_dependency_definition module
      • tool_shed.repository_types.unrestricted module
      • tool_shed.repository_types.util module
    • tool_shed.tools package
      • Submodules
      • tool_shed.tools.data_table_manager module
      • tool_shed.tools.tool_validator module
      • tool_shed.tools.tool_version_manager module
    • tool_shed.util package
      • Submodules
      • tool_shed.util.admin_util module
      • tool_shed.util.basic_util module
      • tool_shed.util.commit_util module
      • tool_shed.util.common_util module
      • tool_shed.util.container_util module
      • tool_shed.util.encoding_util module
      • tool_shed.util.hg_util module
      • tool_shed.util.metadata_util module
      • tool_shed.util.readme_util module
      • tool_shed.util.repository_content_util module
      • tool_shed.util.repository_util module
      • tool_shed.util.review_util module
      • tool_shed.util.search_util module
      • tool_shed.util.shed_util_common module
      • tool_shed.util.tool_dependency_util module
      • tool_shed.util.tool_util module
      • tool_shed.util.web_util module
      • tool_shed.util.workflow_util module
      • tool_shed.util.xml_util module
    • tool_shed.utility_containers package
      • Submodules
      • tool_shed.utility_containers.utility_container_manager module
    • tool_shed.webapp package
      • Subpackages
      • Submodules
      • tool_shed.webapp.app module
      • tool_shed.webapp.buildapp module
      • tool_shed.webapp.config module
  • Submodules
  • tool_shed.repository_registry module
  • tool_shed.tool_shed_registry module